Κύρια απειλή για τη διατήρηση του αγριόγιδου στην Ελλάδα είναι η λαθροθηρία. Ακολουθεί η διάνοιξη και η χρήση δασικών και ορεινών δρόμων στα ενδιαιτήματά του που έχει σαν αποτέλεσμα τη διευκόλυνση της πρόσβασης των λαθροκυνηγών και γενικότερα όσων ενοχλούν με την παρουσία τους το αγριόγιδο. Η αδυναμία της πολιτείας να συμβάλει αποτελεσματικά στον περιορισμό της λαθροθηρίας και η αδιαφορία της πλειονότητας  των πολιτών και των τοπικών αρχών έχουν σαν αποτέλεσμα την ενθάρρυνση της συνέχισης της δράσης των λαθροκυνηγών, που σε ορισμένες περιπτώσεις φτάνουν στην πλήρη ασυδοσία. Το πρόβλημα είναι ακόμα πιο έντονο στις διασυνοριακές ζώνες με τις γειτονικές χώρες (Αλβανία, Βουλγαρία, Βόρεια Μακεδονία), όπου εκεί τα αγριόγιδα που βρίσκονται στην Ελλάδα υπόκεινται παράνομη θήρευσης από λαθροθήρες προερχόμενους και από τις δύο πλευρές των συνόρων.

Νόμιμο κυνήγι για το αγριόγιδο στην Ελλάδα δεν υφίσταται, μια και το είδος είναι προστατευόμενο από το 1969 έως και σήμερα. Σε αρκετές περιπτώσεις φαίνεται πως οι πληθυσμοί του αγριόγιδου παρουσιάζουν περιστασιακές αυξομειώσεις, ανάλογα με τη διάθεση των τοπικών λαθροκυνηγών, που σε ορισμένες περιπτώσεις είναι ικανοί να εξαλείψουν ακόμα και ολόκληρους  πληθυσμούς. Στην πραγματικότητα το πρόβλημα εντοπίζεται στην έλλειψη ουσιαστικής φύλαξης από τις αρμόδιες αρχές.

Από την άλλη μεριά οι δρόμοι στα ενδιαιτήματα του αγριόγιδου επιδρούν αρνητικά μια και σχετίζονται είτε  με τη διευκόλυνση των λαθροκυνηγών είτε με τη συχνότερη και εντονότερη παρουσία ανθρώπων που εξασκούν διάφορες δραστηριότητες που για κάποιο λόγο ενοχλούν τα αγριόγιδα. Σαν αποτέλεσμα τα αγριόγιδα, συχνά, αδυνατούν να προσαρμοστούν και αποτραβιούνται στα πιο απόμερα μέρη του διαθέσιμου βιότοπού τους, τα οποία μπορεί να μην είναι τα πλέον κατάλληλα από άποψη παροχής τροφής, καταφυγίου από θηρευτές και προστασίας από τις καιρικές συνθήκες.

Δημιουργείται δηλαδή έτσι μια κατάσταση που αργά ή γρήγορα θα οδηγήσει στην εκδήλωση των αρνητικών συνεπειών της στην εξέλιξη του πληθυσμού του αγριόγιδου. Οι δρόμοι επίσης που διανοίγονται στα βουνά για την εγκατάσταση αιολικών πάρκων εντείνουν το παραπάνω πρόβλημα, και επιπλέον η γη που δεσμεύεται για τη λειτουργία τους, οδηγεί σε συρρίκνωση και υποβάθμιση των ενδιαιτημάτων του αγριόγιδου.

Οι δρόμοι επίσης που διανοίγονται στα βουνά για την εγκατάσταση αιολικών πάρκων εντείνουν το παραπάνω πρόβλημα, και επιπλέον η γη που δεσμεύεται για τη λειτουργία τους, οδηγεί σε συρρίκνωση και υποβάθμιση των ενδιαιτημάτων του αγριόγιδου.

Ένα άλλο μεγάλο ζήτημα που δυσχεραίνει την επιβίωση του αγριόγιδου είναι ο κατακερματισμός των ενδιαιτημάτων σε όλη την έκταση της  φυσικής εξάπλωσής του. Πληθυσμοί αγριόγιδου είναι διάσπαρτοι σε σημαντικό μέρος της ορεινής ηπειρωτικής Ελλάδας, αλλά αρκετοί από αυτούς είναι αρκετά απομονωμένοι από φυσικά ή τεχνητά εμπόδια.  Επομένως πολύ δύσκολα μπορεί να λάβει χώρα  μετακίνηση αγριόγιδων από βουνό σε βουνό και αυτό δυσχεραίνει την ανταλλαγή γενετικού υλικού μεταξύ των διαφορετικών πληθυσμών. Το γεγονός αυτό από μόνο του και μόνο, εγκυμονεί κινδύνους για το μέλλον των πληθυσμών αυτών, εξαιτίας της συνεχούς διασταύρωσης μεταξύ συγγενικών ατόμων και εν τέλει την αύξηση της ομοζυγωτίας. Το πρόβλημα αυτό είναι περισσότερο αισθητό σε τόπους με μικρούς πληθυσμούς αγριόγιδων, ανάμεσα από τους οποίους παρεμβάλλονται μεγάλα εμπόδια στις διαπληθυσμιακές επικοινωνίες (μεγάλοι αυτοκινητόδρομοι, τεχνητές λίμνες κ.ά.), συντελώντας έτσι στην πλήρη γεωγραφική απομόνωση αυτών των πληθυσμών και κατά συνέπεια στην γενετική αποδυνάμωσή τους.

Η παρουσία γενικά κοπαδιών οικόσιτων ζώων (συχνά με συνοδεία σκύλων φύλαξης των κοπαδιών) κοντά ή μέσα στα ενδιαιτήματα του αγριόγιδου επηρεάζει αισθητά τον τρόπο με τον οποίο τα αγριόγιδα χρησιμοποιούν το χώρο. Σημαντική απειλή αποτελεί το ενδεχόμενο μεταφοράς ασθενειών από τα κοπάδια των οικόσιτων ζώων προς τα αγριόγιδα.

Η προώθηση σχεδίων μαζικού τουρισμού, όπως εγκαταστάσεις χιονοδρομικών κέντρων και άλλων μεγάλων τουριστικών υποδομών μαζικού τουρισμού, καθώς και η ευρείας κλίμακας εξόρυξη μεταλλευμάτων στα ενδιαιτήματα του αγριόγιδου, επηρεάζει αρνητικά το είδος.

Προσπάθειες για πιθανές εισαγωγές και απελευθερώσεις  αγριόγιδων σε φυσικούς βιότοπους από άλλες περιοχές -που επίσημα τουλάχιστον φαίνεται πως δεν έχουν γίνει μέχρι τώρα στη χώρα μας- εμπεριέχουν πάντα κινδύνους γενετικής αλλοίωσής των τοπικών πληθυσμών.

Τέλος, η κλιματική αλλαγή και η μετάβαση σε συνθήκες θερμότερου κλίματος στη χώρα μας, δύναται να επηρεάσει αρνητικά τους πληθυσμούς του αγριόγιδου, ιδιαίτερα αυτούς που βρίσκονται στη νότια Ελλάδα.