Ως κύρια καταγεγραμμένη απειλή για τη διατήρηση του αγριόγιδου στην Ελλάδα παραμένει η λαθροθηρία και ακολουθεί η διάνοιξη και η χρήση δασικών και ορεινών δρόμων στα ενδιαιτήματά του που διευκολύνουν κατά πολύ την πρόσβαση των λαθροκυνηγών. Η εμφανής αδυναμία της πολιτείας να συμβάλει αποτελεσματικά στον περιορισμό της λαθροθηρίας και η αδιαφορία της πλειονότητας  των πολιτών και των τοπικών αρχών έχουν τελικά σαν αποτέλεσμα την ενθάρρυνση της συνέχισης της δράσης των λαθροκυνηγών, που σε ορισμένες περιπτώσεις φτάνουν στην πλήρη ασυδοσία.

Νόμιμο κυνήγι για το αγριόγιδο στην Ελλάδα δεν υφίσταται μια και το είδος είναι προστατευόμενο από το 1969 έως σήμερα. Παρόλα αυτά όμως είναι λίγες οι περιπτώσεις εκείνες όπου έχει καταγραφεί μια αξιόλογη αύξηση πληθυσμών αγριόγιδου. Στην πλειονότητα των περιπτώσεων φαίνεται πως οι πληθυσμοί του αγριόγιδου παρουσιάζουν περιστασιακές αυξομειώσεις, ανάλογα με τη διάθεση των τοπικών λαθροκυνηγών, που σε ορισμένες περιπτώσεις είναι ικανοί να εξαλείψουν ακόμα και ολόκληρους  πληθυσμούς. Στην πραγματικότητα το πρόβλημα εντοπίζεται στην έλλειψη ουσιαστικής φύλαξης.

Όσον αφορά τη διάνοιξη και χρήση ορεινών και δασικών δρόμων σημειώνουμε τα εξής: Οι δρόμοι επιδρούν αρνητικά στο αγριόγιδο μια και σχετίζονται είτε  με τη διευκόλυνση των λαθροκυνηγών είτε με τη συχνότερη και εντονότερη παρουσία ανθρώπων και συνεπώς ενόχληση προερχόμενη από δραστηριότητες ατόμων που βρίσκονται στο βιόποπο του αγριόγιδου για διάφορους λόγους. Σαν αποτέλεσμα και ειδικά στην περίπτωση που οι παραπάνω δραστηριότητες είναι έντονες, συνεχείς ή συχνά επαναλαμβανόμενες, τα αγριόγιδα αδυνατούν να προσαρμοστούν και αποτραβιούνται στα πιο απόμερα μέρη του διαθέσιμου βιότοπού τους, τα οποία μπορεί και να μην είναι τα πλέον κατάλληλα από άποψη παροχής τροφής, καταφυγίου από θηρευτές και προστασίας από τις καιρικές συνθήκες. Δημιουργείται δηλαδή έτσι μια κατάσταση που αργά ή γρήγορα θα οδηγήσει στην εκδήλωση των αρνητικών συνεπειών της στην εξέλιξη του πληθυσμού του αγριόγιδου. Οι δρόμοι επίσης που διανοίγονται στα βουνά για την εγκατάσταση αιολικών πάρκων εντείνουν το παραπάνω πρόβλημα, και επιπλέον η γη που δεσμεύεται για τη λειτουργία τους, οδηγεί σε συρρίκνωση και υποβάθμιση των ενδιαιτημάτων του αγριόγιδου.

Ένα άλλο μεγάλο ζήτημα που δυσχεραίνει την επιβίωση του αγριόγιδου είναι ο κατακερματισμός των ενδιαιτημάτων σε όλη την έκταση της  φυσικής εξάπλωσής του. Πυρήνες κατανομής των πληθυσμών του αγριόγιδου είναι διάσπαρτοι σε σημαντικό μέρος της ορεινής ηπειρωτικής Ελλάδας, αλλά αρκετοί από αυτούς είναι αρκετά απομονωμένοι και επομένως πολύ δύσκολα -αν όχι καθόλου- μπορούν να ανταλλάξουν άτομα και συνεπώς γενετικό υλικό με άλλους πληθυσμούς. Το γεγονός αυτό από μόνο του και μόνο, εγκυμονεί κινδύνους για το μέλλον των πληθυσμών αυτών, εξαιτίας της συνεχούς διασταύρωσης μεταξύ συγγενικών ατόμων και εν τέλει την αύξηση της ομοζυγωτίας. Αυτό είναι περισσότερο αισθητό σε τόπους με μικρούς πληθυσμούς αγριόγιδων, ανάμεσα από τους οποίους παρεμβάλλονται μεγάλα εμπόδια στις διαπληθυσμιακές επικοινωνίες (μεγάλοι αυτοκινητόδρομοι, τεχνητές λίμνες κ.ά.), συντελώντας έτσι στην πλήρη γεωγραφική απομόνωση αυτών των πληθυσμών και κατά συνέπεια στην γενετική αποδυνάμωσή τους.

Η παρουσία γενικά κοπαδιών οικόσιτων ζώων κοντά ή μέσα στα ενδιαιτήματα του αγριόγιδου επηρεάζει τον τρόπο με τον οποίο τα αγριόγιδα χρησιμοποιούν το χώρο. Σημαντικός κίνδυνο αποτελεί το ενδεχόμενο μεταφοράς ασθενειών από τα κοπάδια των οικόσιτων ζώων προς τα αγριόγιδα.

Η προώθηση σχεδίων μαζικού τουρισμού, όπως εγκαταστάσεις χιονοδρομικών κέντρων και άλλων τουριστικών υποδομών μαζικής κλίμακας, καθώς και η ευρείας κλίμακας εξόρυξη μεταλλευμάτων στα ενδιαιτήματα του αγριόγιδου, επηρεάζει αρνητικά το αγριόγιδο.

Επίσης προσπάθειες για πιθανές εισαγωγές και απελευθερώσεις  αγριόγιδων σε φυσικούς βιότοπους από άλλες περιοχές -που επίσημα τουλάχιστον φαίνεται πως δεν έχουν γίνει μέχρι τώρα στη χώρα μας- εμπεριέχουν πάντα κινδύνους γενετικής αλλοίωσής των τοπικών πληθυσμών. Σε περίπτωση όμως που κριθεί αναγκαίο να γίνουν θα πρέπει να πληρούν συγκεκριμένες προδιαγραφές που έχουν τεθεί από την επιστημονική κοινότητα. Τελευταία έχει αναφερθεί πως λιγοστά αγριόγιδα υπάρχουν στην Πάρνηθα και αν πράγματι αυτό συμβαίνει, τότε πρόκειται για τεχνητή απελευθέρωση του είδους εκεί από τον άνθρωπο κατά το παρελθόν. Επίσης είναι πιθανό πως στην οροσειρά της Ροδόπης ο πληθυσμός του αγριόγιδου έχει πλέον υβριδοποιηθεί ως αποτέλεσμα των απελευθερώσεων με άτομα άλλου υποείδους που πιθανά έγιναν από την άλλη μεριά των συνόρων, στη Βουλγαρία.

Τέλος, η κλιματική αλλαγή και η μετάβαση σε συνθήκες θερμότερου κλίματος στη χώρα μας, δύναται να επηρεάσει αρνητικά τους πληθυσμούς του αγριόγιδου, ιδιαίτερα αυτούς που βρίσκονται στη νότια Ελλάδα.